제품/서비스

염기서열분석 (Sequencing)
  • 신속, 정확한 결과 발송: sample 접수 후, 24시간 이내 (정제 필요 sample 예외)
  • High quality & Long read length : 700bp.(phred score 20)
  • Sample 맞춤형 원인 분석 서비스 지원
  • SAS (SolGent Analysis Services) 웹 시스템을 기반으로 “sequencing 주문 ~ 결과 확인”까지 실시간 모니터링 가능
  • 무료 Bioinformatics 분석서비스 지원 : vector screening, blast, low quality trimming …

DNA sequencing이란 DNA 분자들을 구성하고 있는 A, T, G, C 뉴클레오타이드(nucleotide)의 순서를 결정하는것을 말합니다.
솔젠트 Sequencing 서비스는 sanger method를 기반으로 standard sequencing과 primer walking 서비스를 진행합니다.

  • 분석키트 : BigDye® Terminator v3.1 cycle sequencing Kits
  • 분석기기 : ABI 3730XL DNA Analyzer (50 cm capillary)

Standard sequencing

Sample 준비방법

Good quality data를 얻기 위해서 적절한 농도와 순도의 DNA template를 준비하시는 것을 권장합니다.

Template 준비
Template Spectral properties Volume DNA 순도
Purified PCR product size 농도 10 ㎕/1 reaction (Reaction 추가 시, 1 reaction 당 5 ㎕ 추가 필요) ① 전기영동 (권장)
DNA template 1 ㎕ 전기영동 하여 size, smear 여부, single product 확인

② 흡광도 측정
A260 / A280 ratio : ~ 1.8
A260 / A230 ratio : 1.8 ~ 2.2
200 bp 이하 10 ng/㎕
200 ~ 500 bp 20 ng/㎕
500 bp 이상 25 ng/㎕
1000 bp 이상 30 ~ 60 ng/㎕
Plasmid 4 kb 이하 100 ~ 150 ng/㎕
4 kb 이상 200 ng/㎕
Large DNA (BAC) 500 ng/㎕ 이상
  • 1 tube (well) = 1 종류 DNA, 1 tube (well) = 1 종류 primer 를 보내주시는 것이 원칙입니다.
  • DNA elution 시, 멸균 3차 증류수나 정제 키트에 포함되어 있는 solution 사용을 권장합니다.
  • Plasmid의 경우, HB101, MV1190, JM109, XL1 Blue, JM101 (JM 100 series), TG1 and TG2. 와 같은 host bacterial strains은 피하는 것이 좋은 결과를 기대할 수 있습니다.
  • PCR product의 경우, EXO/SAP 정제는 권장하지 않습니다 (PCR primer attachment site에 손상 있는 경우가 있음)
    만일, EXO/SAP 정제를 했다면 internal primer로 sequencing 하기를 권장합니다.
  • 96-well plate sample : Cross-contamination을 막기 위해 strip cap 사용을 권장합니다. 냉동 배송 중에도 호일이나 sealing tape을 사용한 경우, 완벽한 봉합이 되지 않아 Cross-contamination 이 발생하는 경우가 있습니다.
Primer 준비
Primer Concentration Volume 비고
고객 디자인 primer
솔젠트 미보유 universal primer인 경우
5 ~ 10 pmole/㎕(5 uM) 10 ㎕/1 reaction
(Reaction 추가 시,
1 reaction 당 3 ㎕ 추가 필요)
  • F/R primer는 각 각 따로 분리하여 준비
  • Primer Tm : 50 ~ 60 ℃,
    GC c ontent : 40 ~ 60 %,
    길이 : 18 ~ 24 mer 권장
솔젠트 보유 universal primer 미필요 미필요

- Sequencing Primer 제작 시 참고 사항 :
Template 와 primer 간에 100% sequence 가 일치하여야 합니다.
Primer sequence 내에 palindromic sequence 가 없어야 합니다. (특히, 3’end of primer 위치)
4쌍 이상으로 Loop 구조가 형성되는 경우는 반응이 되지 않는 경우가 많습니다. (특히, 3'end of primer 위치)
Primer Tm 은 50~60℃, 길이는 18 ~ 24 mer를 권장합니다.

분석 과정
  • Sample , 고객 primer 보관기간 : 1주 (보관기간 연장 요청 시, sample 1개월, primer 3개월 보관)
  • Sequencing data 보관기간 : 6개월
SAS (SolGent Analysis Services) 웹 시스템

Sequencing 온라인 주문 시스템으로, sequencing 주문에서 결과확인까지 모든 과정을 전산화하여 진행상황을 실시간으로 체크할 수 있습니다. SAS 웹 시스템은 과거 주문서 수기 작성 방식에서 비롯되었던 필체 판독의 어려움, 샘플 이름 입력 오류, 메일 발송 오류 등의 고질적인 문제점을 해결하며, 고객 샘플 관리의 정확도를 높여줄 것 입니다. 또한, 최신 Blast D.B 의 빠른 업데이트와 다양한 무료 Bioinformatics 분석서비스 지원을 통해 한층 강화된 고객 만족 서비스를 제공하고 있습니다.

- SAS 무료 bioinformatics 분석서비스 : vector screening, BlastN/X, Low quality trimming, PDF 결과 파일

재반응 & Difficult template sequencing 재반응 운영방침

Sequencing 결과가 좋지 않은 경우, 경우에 따라 원인파악을 위한 무료 재반응을 진행합니다. (일차적으로 같은 양상의 결과 중 1~2개 sample만 선별하여 대표 반응을 진행합니다.) 또한, 일부 Sequencing 이 어려운 sample (GC rich template, GT rich template, 2차 구조, poly N nucleotide, repeat 구조를 가지는 template) 의 경우, 일반조건 분석으로는 반응이 끝까지 진행이 되지 않는 경우가 발생합니다. 이런 경우, 다양한 변경된 조건으로 진행하여 향상되어진 sequencing 결과를 제공하고 있습니다.

Primer walking

Primer walking 은 DNA template 의 size가 커 single run 만으로 완전한 결과를 얻을 수 없을 때 진행하는 방법으로, 약 2 ~15 kb 정도의 DNA sequencing 에 주로 이용합니다. 예를 들어 vector에 삽입되어 있는 약 3 kb DNA sequencing을 한다면, vector universal primer F/R로 먼저 sequencing을 진행합니다. 이후 나온 sequence 결과를 토대로 새로운 inner primer 를 제작하여 처음 sequencing 에서 읽지 못한 안쪽 부분을 sequencing 합니다. 이 과정을 반복하여, 산출된 sequence 조각들을 하나로 연결하는 과 정을 거쳐 3 kb DNA sequence를 완성합니다. 솔젠트는 inner primer design과 합성, sequencing, sequence alignment 까지 total 서비스를진행합니다

- 실험기간 (working day 기준) : 2주/2.5 kb (한쪽 방향으로 진행 시), 2주/5 kb (양쪽 방향으로 진행 시)